江西农业大学高教所前身可追溯到1966年设立的江西共产主义劳动大学总校教育研究室，主要职责是调查研究及总结共大各分校的办学经验并加以推广。1976年后，江西共大由于体制改革不再负责对分校的管理，总校的教育研究工作归口到教务管理部门。1980年，江西共产主义劳动大学更名为江西农业大学。1985年设立江西农业大学高等教育研究室，高教室是独立处室，当时有专职人员4人，创办了不定期校刊《农林高教研究》，负责搜集校内教育教学研究成果和经验，刊登教职工的研究论文，并在对外交流，还创办了《高教信息》周刊，为校内提供国内高等教育研究信息。1992年高教研究室合并至教务处。

2002年，在原高等教育研究室的基础上，经江西省编制委员会批准，成立了高等教育研究所，正处级建制科研机构，挂靠江西农业大学教务处。2006年高教所获得教育学下设二级学科的“职业技术教育学”，以及公共管理学下设二级学科的“教育经济与管理”硕士学位授予权，并从2007年开始招生。2010年考虑全国重点建设职教师资培训基地建设需要，将“职业技术教育学” 划归职业师范学院管理。2010年高教所获批 “教育学”一级学科硕士学位授予权，隶属于江西农业大学高等教育研究所。2011年增设 “高等教育学”二级学科点，从2012年开始招生。高教所将坚持“立足学校、面向社会”的发展思路，努力建设成集服务、管理和研究为一体的特色鲜明的高等教育研究所。